Стандартная файловая система на данный момент это ext3.
Ext3 - это журналируемая файловая система основанная на ext2.
Основное отличие состоит в том, что ext3 журналируемая, т.е. она ведет журнал сохраняющий список изменений, что поможет восстановить файловую систему при сбоях в работе компьютера. Но за стабильность и надежность надо чем то жертвовать. Можно ли восстановить случайно удаленный файл?